スカイマーク（BC）は2013年7月10日搭乗分からの新運賃として、「乗継運賃」を設定する。乗継便として運航する羽田／石垣線、羽田／宮古線に合わせて設定したもの。スカイマークの各地の就航地から那覇を経由して両路線に乗り継ぐ場合、2区間目となる羽田／石垣線と那覇／宮古線を4000円に設定。たとえば、7月10日の羽田／石垣線（乗継便）では、羽田／那覇間をフリー運賃14（1万円）で利用する場合、乗継運賃4000円を含め、合計1万4000円となる。

このほか、スカイマークでは7月12日搭乗分から、搭乗予定便の出発後の取消手数料を変更する。普通運賃と身体障碍者割引運賃が対象で、従来の4000円～6000円の手数料を、出発後の取消手数料を1000円～4000円に引き下げる。