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JR各社は、新型コロナウイルスの感染拡大を受けて、乗車券の払い戻し対応を発表した。

JR東日本では、以下のいずれかの事由で旅行を見合わせる場合、払い戻しを無料で行う。

1. 外務省による新型コロナウイルスに関する渡航中止勧告又は退避勧告の発出を事由に旅行を見合わせる旅行者
2. 新型コロナウイルスの罹患に伴い、旅行を見合わせる旅行者
3. 新型コロナウイルスの感染拡大防止を目的にイベント等が中止、延期又は規模縮小等が決定したことを事由に、旅行を見合わせる旅行者
4. 新型コロナウイルスへの感染防止を事由として旅行を見合わせる旅行者

対象となる乗車券は、普通乗車券、特急券、グリーン券、指定席券等（定期券、回数券は除く）、おトクなきっぷ（フリーパスタイプのものは使用開始前に限る）。

また、JR東海も、新型コロナウイルスの影響により旅行を見合わせる場合、払い戻しを無料で行う(回数券等、一部のきっぷについては対象外)。

このほか、インターネット予約に関しては、エクスプレス予約あるいはスマートEXで購入している場合は、旅行者自身による操作で無手数料による払いもどしが可能。e5489で購入している場合は、e5489サポートダイヤルへ連絡する必要がある。