政府は、新型コロナウイルスの全国的な感染拡大を受けて、2020年12月28日から2021年1月11日まで、「GoToトラベル」事業の利用を全国一斉に一時停止することを決めた。全国での一斉停止に先行し、感染拡大が続く東京都と名古屋市を目的地とする利用については、12月22日から27日まで全世代を対象に一時停止し、出発については自粛を呼びかける。

菅義偉首相は、新型コロナウイルス政府対策本部で「年末年始にかけてこれ以上の感染拡大を食い止め、落ち着いた年明けを迎えられるように、最大限の対策を講じることにする」と発言。1月11日以降の対応ついては、その時点での感染状況を踏まえて、改めて判断するとした。

また、赤羽一嘉国土交通大臣は、すでに予約済みの旅行に対するキャンセル料について、12月14日から24日までのキャンセルについては無料とすることを明らかにした。さらに「かきいれ時の年末年始には、GoToトラベル利用の予約が多かったことから、事業者に対しては手厚い支援策を検討する」と表明。政府は、これまで大阪市や札幌市への制度の一時停止の際には、キャンセルで影響を受ける事業者に対して、旅行代金の上限35%の補償を行っている。