JALとマレーシア航空は、国土交通省およびマレーシア当局から、日本/マレーシア路線における共同事業の開始に向けた独占禁止法適用除外（ATI）について認可を受けた。これを受けて、両社は共同事業に関する具体的協議を速やかに開始し、日本/マレーシア路線における共同事業を2020年4月に開始することを目指す。
両社はワンワールドメンバー。2012年にコードシェアを開始した。現在、JALは成田/クアラルンプール線で週7便を運航。マレーシア航空は成田/クアラルンプール線で週12便、成田/コタキナバル線で週2便、関西/クアラルンプール線で週7便を運航している。
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